高梨留美的巨鲸兽，这时期因为钢铁海龙兽不在文件岛指挥所以巨鲸兽成功摆脱了搜捕。

雨林岛的土着包括人马兽、雪人兽和毛人兽，而其中的人马兽在01年已经进化为完全体的贤者兽。如果不考虑安卓兽后来的转移，雨林岛的战力比文件岛还要不如。但在01年的1年间，这样一座小岛上却来来回回出现了数个究极体，除了按计划来替钢铁海龙兽处理战局的铁猿兽，相继成为对抗主力的高等安卓兽和木偶兽，还有两个第一代被选召者的裁决兽和使神兽，第二代被选召者正良的狮鹫兽，以及第三代被选召者大和的勇者加鲁鲁兽。

沙拔大陆的决战失败之后，坂田浩和白石彻有各自的选择。白石彻迅速转移到雨林岛，期待能在此地养精蓄锐继续反抗破解队。而坂田浩则在失败后感到痛苦，他选择了远离沙拔大陆地区，以此逃避。坂田浩回到了千年兽战役的战场上，并且大概是没有把他战败的具体原因说给那些后辈。

木偶兽不信任这个为了分雌雄而耽误了战事的所谓“被选召者”，而雨林岛的土着凭借对白石彻怯懦寡言的记忆再看到现在随意表达的白石彻，认为他是很有改观的，所以多少对他抱着一些信任感，同时也不排斥木偶兽。

高等安卓兽转入了地下，继续破坏无限龙兽的建制，它很快就组建出一支联军。钢铁海龙兽在沙拔大陆帮不上什么忙，就返回雨林岛进行未完的攻势。但木偶兽伙同受伤的半个究极体使神兽成功阻挠了它。无限龙兽眼见自己一时还无法完全剿除高等安卓兽的联军，就把铁猿兽调遣回雨林岛，现在是二对一个半。在一次作战中钢铁海龙兽抓住了使神兽落单的机会，同铁猿兽对其发动猛攻。最终雨林岛的援军还是赶回来了，但使神兽再度受伤，从而丧失了究极进化，甚至超进化的可能性——至少几个月的。

在那之后，白石彻莫名其妙消失了。雨林岛众人找他找了很久也未能找到，最终的结论是，要么他死于破解队之手，要么他一个人逃了。但白石彻的数码兽搭档是黑加布兽，它的成熟期黑加鲁鲁兽也没有飞行能力，所以他更可能死于破解队之手。

其实白石彻是接受了七魔王一边的提议，由巴鲁巴兽给他开了返回现实世界的通路。毕竟这时期，两个世界在日本地区的通道是被七魔王挟制的，只有七魔王才有能力让他迅速消失。由此白石彻与七魔王势力染上了关系，这点我会在后文详细说明。

原本在白石彻离开后，钢铁海龙兽和铁猿兽拿下这孤岛简直是轻而易举，甚至可以杀死这个讨厌的究极体木偶兽。但文件岛那边的冲突其实一直都有，就是“深海雄心”的那三个完全体。它们不断骚扰钢铁海龙兽的水下部队，有一次甚至围杀了两只金属水虎鱼兽。双方的冲突愈演愈烈，逼得钢铁海龙兽不得不亲自出马对付它们。但钢铁海龙兽对它们的第一次战斗可以说是基本毫无战果，除了杀死几个成熟期之外，剩下的蛇颈龙兽余部全身而退了，而由于钢铁海龙兽的临时退出，木偶兽和雨林岛土着又成功建立了防线，甚至小败铁猿兽。

钢铁海龙兽没有选择一鼓作气拿下雨林岛，是因为它已经在雨林岛周边布下了海军陷阱。巨鲸兽再也不能载着木偶兽逃离这岛了。相对地海军在“深海雄心”手上以高于基于战力对比而得到的预估战损，去损失，这是钢铁海龙兽更不能接受的。在钢铁海龙兽看来，木偶兽是瓮中之鳖，灭亡是迟早的事；但奇虾兽那几个完全体却有更好的机动性和组织能力。破解队一直都很清楚组织能力的重要性，所以“深海雄心”甚至被认为是略强于木偶兽的敌人。

现在的时间是01年的2月。第一次千年兽战役已经结束很久了，一乘寺智也死去了一段时间。很快秋山辽就会发动第二次千年兽战役，因为他们再也收不到曾经的伙伴智的消息了。这次千年兽战役完全由辽做主，同为第一次千年兽战役的发动者正良没有同他一起，坂田浩倒是很来兴致。

但在后续的冒险进程中，豪和梧，甚至是后来的贤君，都更亲近辽、视他为队长而不是资历更老的坂田浩。坂田浩自讨没趣，竟然选择了抛弃千年兽战场，只身返回了雨林岛。临别时他也没有给“所谓”的队员什么通告，这让贤君对他的第一印象就非常差。

在文件岛和雨林岛这边，似乎“深海雄心”在遭遇了钢铁海龙兽之后就放弃了攻势，向着远离文件岛的方向逃遁了。钢铁海龙兽判断对方知晓了自己的实力所以很聪明地退避三舍，因此也大大放松了警惕，返回雨林岛继续歼灭木偶兽的进程。

这一次两个究极体却又对上了两个究极体。经过长期的修整，裁决兽再次站在了钢铁三巨头中的两个的面前，虽然木偶兽和雨林岛土着都不喜欢坂田浩，但究极体援军显然正是此时的雪炭。

雨林岛的战事再度陷入胶着，这让沙拔大陆的无限龙兽开始思考是否要暂时离开沙拔大陆，先解决雨林岛争端。无限龙兽试探性地发起了一场对高等安卓兽势力的清剿，而结果是后者的战斗力和组织能力远远超出了它的预期。无限龙兽明白，一旦它本尊离开沙拔大陆，那么在沙拔大陆上已经实现